• STAR創出プログラム（令和３年度～）
• 重点研究課題（第一期：平成18～21年度、第二期：平成22～27年度、第三期：平成28年度～）
• テニュアトラック普及・定着事業（平成23年度採択～）
• 発達障害に関する教職員等の理解啓発・専門性向上事業（平成29年度採択事業）

（補助期間が終了したプログラム・事業）

• 発達障害の可能性のある児童生徒に対する早期・継続支援研究事業（平成28年度採択事業）
• 発達障害の可能性のある児童生徒に対する早期支援研究事業（平成26～27年度採択事業）
• アジア研究教育拠点事業（平成22～26年度採択事業）
• 女性研究者支援モデル育成（平成21年度採択事業）
• 若手研究者の自立的研究環境整備促進事業（平成19年度採択事業）
• グローバルCOEプログラム（平成19～20年度採択事業）
• 21世紀COEプログラム（平成14～15年度採択事業）